En el alegato final del juicio en manos del Tribunal Oral Federal 2 por delitos en la investigación del atentado a la sede de la mutual judía, la querella pidió además 8 años de inhabilitación a Menem para el ejercicio de cargos públicos como "instigador" de los delitos de "encubrimiento", "abuso de autoridad" y "violación de deberes". Para el exjuez del caso Galeano, la querella de las asociaciones judías reclamó además seis años de inhabilitación a Galeano para ejercer cargos públicos por "encubrimiento, favorecimiento personal, abuso de autoridad y violación de medios de prueba".

En cuanto a Anzorreguy, requirió también seis años de inhabilitación para ejercer cargos públicos como partícipe necesario de encubrimiento, abuso de autoridad y falsedad ideológica. Asimismo, reclamó tres años de cárcel para el expolicía federal Jorge Palacios, extitular de la Unidad de Investigaciones Antiterroristas de esa fuerza, como partícipe necesario de "encubrimiento por favorecimiento personal" y "abuso de autoridad".

La querella de la Asociación Mutual Israelita Argentina (AMIA) y de Delegación de Asociaciones Israelitas Argentinas (DAIA) no acusó por el delito de "peculado" a raíz del pago de 400 000 dólares efectuado por la SIDE a Carlos Telleldín, cuando estaba detenido por el atentado del 18 de julio de 1994. También pidieron tres años de prisión para el exagente de la SIDE Juan Carlos Anchezar y el excomisario de la Federal Carlos Castañeda.

Las acusaciones fueron por otros hechos juzgados en el juicio oral, el supuesto desvío de la investigación en la llamada "pista siria" y la destrucción de elementos de prueba. Por ello, la querella de la AMIA y la DAIA no acusó a los también juzgados exfiscales del caso Eamon Mullen y José Barbaccia, al extitular de la DAIA Rubén Beraja, al abogado Victor Stinfale, a Telleldín y su exmujer Ana Boragni y al exagente de la SIDE Patricio Finnen.

Pidió que "el Tribunal falle conforme a las pruebas que han sido presentadas, que no dude en dictar condenas cuando las pruebas así lo exijan, pero que tampoco dude en dictar absoluciones para aquellos casos en los que el principio de inocencia no ha sido derribado". Remarcó que está pendiente de inicio el nuevo juicio a Carlos Telleldín por el atentado a la AMIA, luego de que la Corte Suprema ordenara volver a juzgarlo en un fallo firmado de 2009. "En la causa AMIA principal sigue reinando la impunidad", concluyó la querella. El 12 de abril pasado, la otra agrupación de familiares de víctimas querellante en la causa, Memoria Activa, pidió condenar a 20 años de cárcel a Galeano y a seis a Menem. Para el caso de los fiscales Mullen y Barbaccia, esa agrupación pidió condenas de 13 años, diez años para Anzorreguy, cinco para Palacios, cuatro para Telleldín y cuatro años y ocho meses para Beraja.