Tres meses después de su asunción anticipada, el expresidente Carlos Menem decretó los indultos a los civiles y militares que cometieron crímenes durante el Proceso de Reorganización Militar (1976-1983).

En 1989, mediante el decreto 1004/89, los responsables de los alzamientos militares de Semana Santa, en 1987, y de Villa Martelli, un año después, se vieron beneficiados por la medida menemista, lo que provocó que, por ejemplo, el “carapintada” Aldo Rico nunca fuera juzgado. También, los exmiembros de la Junta de Comandantes, Leopoldo Galtieri, Jorge Isaac Anaya y Basilio Lami Dozo, quedaron en libertad, pese a haber sido condenados por los delitos cometidos en la conducción de la Guerra de las Malvinas.

Menem firmó un total de diez decretos durante los años 1989 y 1990 que favorecieron a 1200 militares, civiles y guerrilleros condenados por homicidios, torturas, privaciones ilegales de libertad, desapariciones y falsedad de documentación, entre otros delitos.

Luego, en 1990, el expresidente justicialista concedió el indulto a las figuras más visibles de la dictadura, que habían sido condenadas en el Juicio a las Juntas de 1985. Sobre los comandantes Jorge Rafael Videla, Emilio Massera, Orlando Agosti, Roberto Viola y Armando Lambruschini pesaban penas de cuatro años a reclusión perpetua, que quedaron anuladas. Otro beneficiado fue el exministro de Economía José Alfredo Martínez de Hoz, que estaba procesado por participación en secuestros y torturas.

Previamente, los levantamientos militares por el Juicio a las Juntas complicaron la estabilidad del gobierno de Raúl Alfonsín. Para frenar el conflicto, se sancionaron las leyes de Punto Final Nº 23492, en 1986, y de Obediencia Debida Nº 23521, en 1987, que favorecieron la impunidad de los delitos de lesa humanidad para miembros de las Fuerzas Armadas.

Durante el gobierno de Néstor Kirchner (2003-2007), las leyes fueron derogadas y los indultos firmados por Menem, declarados inconstitucionales, lo que obligó a los represores a cumplir su condena.